Как отчитаться по НДФЛ за год с учетом применения льготы?

Здравствуйте! Подскажите пожалуйста как быть?  Работник проработал весь год. Но в середине года брал отпуск за свой счет на два месяца, и два месяца у него была маленькая зарплата ввиду того что постоянно отпрашивался по уважительной причине. Есть трое детей.  Сначала года при применении льготы все нормально. Но во второй половине ввиду отсутствий и маленькой зарплаты льгота накопилась. Когда делала 2-НДФЛ то при подсчете итого налога - зарплата за год минус льгота = налог (он вышел меньше чем я считала по-месячно в течении года) . А в 6-НДФЛ не получается. так как налог на минус. Сторнировать что ли? И вернуть налог работнику?  Прошу помощи!